Если Вы уверены, что в биосе и в ядре всё настроено правильно и пробовали включать Enable X86 board specific fixups for reboot (X86_REBOOTFIXUPS) в настройках ядра и проблема остается, то рекомендую попробовать следующее:
Если Вы пользуетесь lilo:
в /etc/lilo.conf добавить
append="reboot=bios,warm power-off=apm"

Не забудьте после изменения настроек запустить lilo.

Другие ссылки:
Добавление конфигурации сетевой карты
Установка Gentoo - iptables

Популярность: 20%